Karakol ilk olarak Haliçport Projesi kapsamında yerinin değiştirileceği haberiyle gündeme gelmişti. Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı çalışmalara başlayınca İstanbul Büyükşehir Belediyesi (İBB) ile karşı karşıya geldi. İBB, Kültür Bakanlığı ve Bölge İdare Mahkemesi’ne başvurarak çalışmaların durdurulmasını talep etti. Tarihi bina önceki gün yıkıldı. Projeye göre bina orijinal haliyle Haliç kıyısına doğru çekilerek yeniden ihya edilecek. Yıkımla ilgili olarak İBB Genel Sekreter Yardımcısı Mahir Polat “Utanç duyuyorum” derken Bakanlık açıklamasında “Yapılan işlemler mevzuatlara uygundur” denildi.